CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）技术因其高灵敏度、低背景和操作简便的特点，已广泛应用于染色质修饰和转录因子结合研究。然而，实验只是第一步，高质量的数据分析才是深入揭示染色质调控机制的关键。本文将以系统化流程的方式，详细梳理CUT&Tag数据分析的全流程，帮助科研人员高效解析数据，构建高质量的表观遗传图谱。

一、CUT&Tag数据分析

一个标准的CUT&Tag数据分析流程通常包括以下步骤：

1、测序数据质控（FastQC, MultiQC）

2、序列比对（Bowtie2）

3、去除冗余与低质量数据

4、峰值识别（MACS2）

5、注释与富集分析（HOMER、ChIPseeker）

6、数据可视化（IGV、deepTools）

7、跨组比较与差异分析（DiffBind、csaw）

二、测序数据质量控制

在正式开始分析之前，应对原始测序数据（通常为FASTQ格式）进行全面的质量评估，主要关注以下几个指标：

1、序列的平均质量值（Q值是否达标）

2、接头污染是否存在

3、GC含量是否异常

4、序列长度是否一致

目的：筛除低质量reads，确保后续分析可靠。

三、比对至参考基因组

高质量reads需比对至参考基因组（如人类hg38或小鼠mm10），用于定位剪切的DNA片段来源。此步骤的输出通常为BAM格式文件。

关键建议：

* 选择合适的参考基因组版本，确保后续注释数据库的一致性。

• 保留只比对一次（唯一比对）的reads，以提升特异性。

四、去冗余与规范化处理

比对后还需进行数据清洗，包括：

1、去除PCR重复（避免文库扩增偏倚）

2、过滤低质量比对片段

3、对reads进行归一化处理，便于不同样本间比较

此步骤决定数据的可视化质量和峰值识别的准确性。

五、峰值识别（Peak Calling）

此步骤是CUT&Tag数据分析的核心，目标是识别出染色质上真正富集的信号区域（即“peaks”）。根据研究目标不同，可识别：

1、组蛋白修饰标记（如H3K27ac、H3K4me3）

2、转录因子结合位点（如CTCF、FOXA1）

注意事项：

* 峰值形态可能因目标蛋白差异而变化，分析参数需个性化调整。

• 推荐在含有输入对照或IgG背景样本的条件下进行，提升可信度。

六、功能注释与生物学解释

识别出峰值后，需要明确这些peaks的功能意义。常见CUT&Tag数据分析包括：

1、将peaks注释到最近的基因启动子或调控区域

2、分析富集的功能通路（如GO、KEGG）

3、寻找可能的调控因子或转录调控网络

解读建议：

* 距离转录起始位点2kb以内的峰值更具调控意义

• 联合已有的转录组或功能基因数据，增强解释力

七、图谱绘制与可视化

可视化是连接数据与科研叙事的桥梁。常见的可视化方式包括：

1、染色质信号强度分布图（沿基因体或TSS）

2、热图（展示不同样本在特定区域的信号聚类）

3、染色体轨道图（如IGV图，展示单基因位点的染色质结构）

目的：提升数据展示的直观性和说服力，为文章发表提供支持性图像。

八、跨样本比较与差异分析（进阶分析）

如果实验设置涉及处理组与对照组，可进一步开展差异峰值分析，包括：

1、筛选在两组之间显著富集或缺失的peaks

2、分析差异区域所对应的调控基因与功能路径

3、探索潜在的表观遗传机制变化

应用场景：药物处理、基因编辑、疾病模型等。

百泰派克生物科技不仅提供优质的CUT&Tag实验试剂与技术支持，还为客户提供：

• 标准化数据分析流程：确保数据处理流程权威、合规
• 个性化注释与可视化报告：助力科研论文图表准备
• 差异分析与调控网络构建：发掘深层次的生物学意义

CUT&Tag数据分析是一个系统性、逻辑性强的流程，涉及从测序数据处理、染色质信号识别，到功能注释与图谱展示的多个环节。掌握高质量的数据分析方法，才能充分发挥CUT&Tag技术在表观遗传研究中的价值。百泰派克生物科技愿与广大科研人员携手，以专业技术服务推动科学发现与发表进展。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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