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密码子优化，指的是利用偏爱密码子（Preferred codons)，即避免利用率低的或稀有密码子，简化基因转录后的mRNA的二级结构，去除不利于高效表达的模体（Motif），加入有利于高效表达的模体，调整GC含量等这些方法重新设计基因。基因合成的商业化大大推动了密码子优化的适

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微生物的形状是由基因决定的，基于DNA测序的微生物鉴定法不仅快速，准确，而且不受细菌的培养条件和生长环境影响，对于难以实现人工培养的寄生菌和其它特殊细菌尤其有效。

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